唐会昌年间（841-846年），武宗灭佛，祸及摩尼教。据《闽书·方域志》云，“有呼禄法师（摩尼教对僧侣称呼）者，来入福唐，授侣三山，游方泉郡，卒葬郡北山下”。这说明唐代泉州有摩尼教的秘密活动。 

　　五代，徐铉《稽神录·清源都将》记载，一个叫明教的法师在泉州城内替防遏营副将杨某驱鬼的故事。故事虽荒诞不经，但反映了五代泉州有明教的活动，且逐渐与民间巫术相结合，改变了原来摩尼教的性质。 

　　北宋时，摩尼教经方被官方误认为道教经典，曾两次被选入《道藏》 (天禧三年、政和七年和宣和二年)。南宋时庄季裕《鸡肋篇》卷上说，事魔食菜的明教徒愈来愈多，“云自福建流至温州，遂及二浙”。陆游《老学庵笔记》里说，“闽中有习左道者，谓之明教”。绍兴三十二年（1162年），陆游《应诏条对状》云，闽中“有秀才、吏人、军兵亦想传习”明教。甚至发展到“伪经妖像，至于刻板流布”的程度。陆游提出要官府出告示以严历刑法制裁之。嘉定十四年（1221年），真德秀《再守泉州劝农文》力劝“乡闾后生子弟，各为善人，各修本业，”“莫习魔教，莫信邪师”，所指皆明教。可知南宋把明教视为社会动乱的根源而严加禁止。 

　　元代，对各门宗教兼收并蓄，明教进行公开活动。泉州城区发现皇庆二年（1313年）死于泉州的“管领江南诸路明教、秦教等”高级僧官西雷蒙的墓碑。西雷蒙是由江南诸路明教、秦教（基督教）的寺院共同推举的，并由中央宣政院功德使司批准的僧官。元代，仙游、莆田、晋江都有明教活动。莆田涵江区发现元代明教石碑。仙游的明教徒到晋江草庵明教寺舍资建石室。后至元五年（1339年），晋江谢店市“信士陈真泽立寺”，喜舍本师圣像。祈荐考妣早生佛地”。晋江草庵又出土元代“明教会”黑釉瓷碗。 

　　明代，朱元璋借明教夺取政权，后明教威胁他的统治，于是“摈其徒，毁其宫”。明教又转入秘密活动。晋江草庵有明正统十年（1445年）的“劝念：清净光明，大力智慧，无上至真，摩尼光佛”崖刻。《闽书》载，何乔远亲眼见过明末泉州的明教。他说：“今民间习其术者，行符咒名师氏法，不甚显云。”表明其势力明显衰退了。晋江草庵所在地罗山乡苏内村纪念摩尼光佛诞辰，是在农历四月十六日，至今依旧。民国《平阳县志·神教志二》云，明教“大较流为优婆夷塞矣”。所谓“优婆夷塞”，即在家修行的佛教男女居士。这表明泉州和温州是明教后期的活动中心，也是明教最后的消亡地。 

　　摩尼教在泉州的遗迹和文化影响 

　　唐朝泉州清源山下呼禄法师墓早已湮没，但乾隆《泉州府志·山川》留有朱熹《清源山谒呼禄法师墓诗》：“明灵自安宅，牲酒告恭虔。”《稽神录》保存五代泉州明教活动的故事。宋代，泉州明教传播温州。温州明教徒在乡间建斋堂，绘画“夷数（耶稣）佛帧”以礼拜。元代泉州明教徒在晋江草庵刻摩尼光佛像礼拜。知州在《劝农文》里，力劝泉州农民“莫习魔教”。表明泉州、温州的明教徒多为农村乡民。 

　　本世纪40年代，吴文良在泉州涂关门外津头埔村，发现西蒙僧官墓碑。碑面右边有两行叙利亚字母拼写的突劂语；左边有两行汉字，汉字内容是：  

　　管领江南诸呼明教、秦教等，也里可温、马里、失里门、阿必思古八、马里哈昔牙。 

　　皇庆二年岁在癸丑八月十五日，帖迷答、扫马等泣血谨志。  

　　据日本顺天堂大学村山七郎教授认读，墓碑右边两行叙利亚语字母拼写的突劂语的内容，与左边两行汉字的意思基本一致，其译文是“这是僧侣先生教区的教长西蒙（失里门）先生的坟墓”。失里门，是基督教聂思脱里派教徒的名字，非明教徒的名字。这位西里蒙（失里门）教长是基督徒，但他是兼管明教的僧官。这方墓碑的发现，是研究泉州明教历史的特殊重要文物。 

　　摩尼教《忏悔文》第九条是“十戒”，其首戒是“不拜偶像”。然宋代陆游见到的福建摩尼教是“绘画妖像”，温州的教徒是“绘画佛像”。元代晋江草庵是雕刻石像。这表明宋元时代，明教已发展为偶像崇拜的民间宗教了。 

　　温州的明教徒多居乡村建无名佛堂。元代晋江谢店市明教徒也在乡间建无名寺。这表明宋元时代明教已演变成广大乡村的民间宗教，且与世俗化道教、佛教紧密结合成为明教徒“祈求考妣早生佛地”的寄托处。 

　　早在13世纪，摩尼教在中亚、西亚已经绝迹，然在中国东南沿海的泉州、温州仍广为流行，但是已改变了原来摩尼教的面貌。泉州是世界摩尼教最后消亡地之一，在我国和世界摩尼教研究中占有重要的地位。